Ses prises de positions abolitionnistes lui causèrent de nombreux soucis à La Rochelle : ville qui prospérait en grande partie grâce au commerce triangulaire. Il a finalement dû renoncer à ses idées, de craintes de représailles et de l'impact négatif sur l'économie rochelaise en cas d'abolition de l'esclavage.
Après sa première session à l’Assemblée nationale de Missy revint à la Rochelle où il remplit différentes fonctions militaires ainsi que des fonctions administratives : administrateur de l'hospice général de la Rochelle, maire de la Rochelle, assesseur du juge de paix, conseiller général et sous-préfet de la Rochelle.
Le Sénat conservateur le choisit comme député de la Charente-Inférieure au Corps législatif, et lui renouvela ce mandat en 1809.
Président de canton, de 1803 à 1813, ses services lui valurent les titres de chevalier de la Légion d'honneur et de chevalier de l'Empire. Après la chute de Napoléon, il se rallia à la Restauration, fut nommé conseiller municipal de la Rochelle en 1815, et président du collège électoral de la Rochelle. Il ne fit pas partie d'autres législatures et mourut à La Rochelle en 1820 à l’âge de 65 ans.
Le Collège Samuel-de-Missy et la rue de Missy, à La Rochelle, portent son nom pour lui rendre hommage.
